پلتفرم Galaxy

این پلتفرم بر پایه وب، برای تحقیقات محاسباتی بیومدیکال و بیوانفورماتیک استفاده می‌شود. این پلتفرم در ایالت پنسیلوانیا، در جان هاپکینز، OHSU و کلینیک Cleveland که به صورت Open source تحت لایسنس Academic Free License توسعه یافت. این پلتفرم تا به حال بیش از ۶۵۰۰ رفرنس دریافت کرده است و دارای بیش از ۱۰۰ سرور عمومی و بیشتر از آن سرور غیرعمومی می‌باشد.
از مزایای این پلتفرم میشه به در دسترس بودن و رابط کاربری دوستانه که نیازی به کدنویسی ندارد، اجرا کردن انواع مختلفی از آنالیزها و workflows و همینطور تجسم داده اشاره کرد. مزیت دیگر این پلتفرم، قابل تکرار بودن آنالیزها است. کاربران حتی می‌توانند با این پلتفرم، آنالیزها و نتایج آن را نشر داد.

Comments

Post a Comment

Popular posts from this blog

نرمال‌سازی خوانش‌ها (Reads)

در مورد RPKM و FPKM و TPM که در آنالیز داده‌های RNAseq با آنها روبرو هستیم، اولی به معنی خوانش در هر هزارباز میلیون، دومی فرگمنت در هر هزارباز میلیون و سومی به معنی ترنسکریپت در میلیون است. اینکه از کدام باید استفاده کرد بر طبق این مقاله توصیه می‌شود که از TPM استفاده شود آن هم به این دلیل است که برای مقایسه نمونه‌های (کتابخانه‌ها) مختلف، می‌تواند یک مشکل بزرگ که عمق توالی‌یابی متفاوت در نمونه‌های مختلف است را حل کند. برای توضیحات بیشتر شما را به این مقاله رجوع می‌دهم. 📣 لطفا به اشتراک بگذارید https://link.springer.com/article/10.1007/s12064-012-0162-3 #rnaseq #normalizing #paper #analyzing @bioinformatics101
Read more

Top 10 Great Sites with Free Data Sets

# 1 data.world # 2  Kaggle # 3 FiveThirthyEight # 4  BuzzFeed # 5  Data.gov # 6 Socrata OpenData # 7  Quandl # 8 Reddit or r/datasets # 9 UCI Machine Learning Repository # 10 Academic Torrents https://towardsdatascience.com/top-10-great-sites-with-free-data-sets-581ac8f6334 #database #data_analysis #free #sites @bioinformatics101
Read more

استفاده از ژنومیکس برای تشخیص زود هنگام سرطان ریه

روش‌هایی که بتوان از آن برای تشخیص زودهنگام سرطان استفاده کرد می‌تواند برای بهبود درمان و نتایج آن بسیار حیاتی باشد. در مورد سرطان ریه که ۱ میلیون و نیم نفر از مردم در سال در اثر این سرطان می‌میرند، این مسئله می‌تواند بسیار کاربردی‌تر نیز باشد. پژوهشگران یک تحقیق که در چند روز پیش در نشریه Nature چاپ شد، از ۸۵ بیمار، ۱۲۹ نمونه از ریه گرفتند که مورد آزمایش‌های Expression profiling, Methylation profiling و Whole-genome DNA sequencing قرار گرفتند. این پژوهشگران تفاوت‌های موجود در ژنوم مانند جهش‌ها، بیان ژن و پایداری کروموزومی در این بیماران را مورد بررسی قرار دادند. نتایج نشان داد که با استفاده از این روش‌ها و داده‌هایی که از آن به‌دست می‌آید، می‌توان برای تصمیم‌گیری و مدیریت روش درمانی استفاده کرد. نویسنده اول این مقاله در مصاحبه خود با GEN گفت که اگر ما بتوانیم از این یافته‌های جدید برای ایجاد تست‌های تشخیصی جدید استفاده کنیم، شاید در آینده‌ای نزدیک حتی می‌توان بیماران را قادر ساخت تا در مراحل بسیار ابتدایی سرطان بتوانند به درمان آن دسترسی پیدا کنند. https://www.nature.com/artic...
Read more